黃帝和蚩尤的涿鹿之戰堪稱是上古第一大戰，雖然這場戰爭並沒有留下直接的文字記錄，但戰爭的慘烈還是給華夏先民們留下了難以磨滅的記憶，並隨著口口相傳，最終鐫刻在了史書當中，同時還附加了層層的神話色彩。
在先秦古史體系中，五帝一脈均尊黃帝為宗，這暗和的正是黃帝族部落通過戰爭整合了中國北方黃河中下游一帶的諸多其他氏族，建立了一個東至于海，西至空桐，北至葷粥，南至長江的 華夏集團。
值得一提的是，史書記載中的黃帝版圖與考古學上仰紹文化東莊—廟底溝類型遺存的分佈范圍高度一致，而廟底溝類型遺址中出土的器物特徵也與傳說中的黃帝所發明使用的器物吻合。
這表明，黃帝（或者說黃帝部落）生存年代的時空框架，處于考古學上的廟底溝類型興起到龍山文化早期階段，也就是碳十四測定的西元前4005年至西元前2780年。
古本《竹書紀年》曾載：「黃帝至禹，為三十世」，據夏商周斷代工程的測算，夏朝建立時間約在西元前2070年，按照每一世30年粗略計算，黃帝的生存年代也剛好落入上述碳十四的測年范圍。
之所以會有如此大的時間跨度，是因為上古時期常常將部落與部落首領的稱號混淆指代，換言之，黃帝可能不止一人，而是每一代的華夏部落聯盟首領的稱號。
而原本生活在華夏和東夷交界地帶的蚩尤九黎部落聯盟（仰紹文化大司空村類型），雖然一度以強硬的軍事姿態與炎黃聯軍對抗，但終究沒能敵過黃帝的兵峰。
那麼在黃帝大戰蚩尤的時候，中國的南方又在幹什麼呢？
就在北方廟底溝化運動轟轟烈烈進行的同時，南方的長江中游地區形成了「大溪文化」，考古工作者將其分為四期，其中第一期為萌芽階段，而二到四期則是繁榮擴張階段，絕對年代為西元前3900年至前3200年。
大溪文化崛起的時間點，與黃帝戰蚩尤落在了同一個時空框架內，就在蚩尤戰死，華夏集團初步形成的同時，大溪文化在長江中游一帶呈現出「三足鼎立」之勢，分別是漢水以東的油子嶺遺址、峽江的關廟山遺址、洞庭湖沿岸的湯家崗遺址。
這三處遺址存在共性特徵，但又差異明顯，分佈范圍與史書記載中的三苗驚人一致（《戰國策·魏策》：「昔者三苗之居，左彭蠡之波，右有洞庭之水，文山在其南，而衡山在其北」）。
一提起三苗，很多人自然而然會想到蚩尤，直到今天苗族同胞還將蚩尤視為祖先。但實際上，三苗並不全是蚩尤之後。
首先是考古學上的文化類型不同。蚩尤的遺存為山東、河北、河南三省交接地帶的仰紹文化大司空村類型，與炎帝同宗。而三苗的考古學遺存為大溪文化，這兩者是不同的考古學文化類型，且在時間上大溪文化並不晚于大司空村類型。
其次是DNA基因檢測結果不同。復旦大學的研究人員在對大溪文化遺址出土的人骨DNA檢測後發現，其主要類型為M7，這個類型在現代苗瑤族同胞裡呈現高頻。
而蚩尤所屬的華夏集團卻是F444和M117類型。
所以，更大的可能是蚩尤戰敗後，九黎部落離散南遷，融入到了南方的三苗族群當中，並帶來了蚩尤的傳說。
事實上，苗族古歌《格蚩尤老》也傳唱著他們的南遷之路：「先祖居住在大河（黃河）邊，首領是格蚩爺老（蚩尤）。戰爭中格蚩爺老被殺，余族被迫南遷到大江（長江）邊。後來戰爭又起，又被迫西遷進川貴黔大山中」。
但三苗的「三足鼎立」並未持續太久。就在北方逐漸形成以炎黃為核心的華夏集團時，南方的三苗也在西元前3300左右演進為統一的屈家嶺文化，繼北方的華夏集團、東夷集團之後，中國新石器時代的第三股勢力—三苗集團形成，並以強勢姿態開啟了與炎黃華夏集團的爭雄。
《國語》留下了這樣一段記載：「三苗復九黎之德」。不過，考古發現的三苗集團的軍事成就，遠比重現九黎輝煌要大得多。
原本屬于中原腹地的河南南陽和豫西南一帶，突然全面屈家嶺化。
南陽淅川下王崗遺址的灰坑中發現了大量無頭墓葬，甚至還有活埋坑，而鄧州八裡崗遺址則發現了建築突遭大火焚燒而廢棄的痕跡，出土人骨DNA檢測屬D4亞型，在北方漢族人群中分佈頻率較高，而在南方分佈則較低。
類似的屈家嶺化考古發現在更偏北的洛陽、鄭州一線也找到。
這表明，原本屬于華夏集團腹地的河南大部，都被北上的三苗集團攻克。華夏和三苗的第一階段爭霸，以三苗的勝利而告終，華夏集團被迫退入黃河以北的區域。
這一大發現，也揭開了堯舜禹南征的真相。
到了西元前2600年左右，華夏集團進入了考古學上的龍山文化時代，並與東夷集團形成了聯合。炎黃的後裔堯、舜、禹先後在晉南豫西建立了核心統治。
而彼時的三苗集團，也從屈家嶺文化演進為石家河文化，相比前者，石家河文化呈現出更加濃郁的「軍權至上」特徵，出土的陶罐上頻頻刻有操持石鉞的武士形象。
與東夷聯合後的華夏集團，開始佔據軍事上的主動，逐步收復「故地」。
史書當中開始出現「堯戰于丹水之浦，以服南蠻」「舜伐三苗，殺三苗于三危」等帶有勝利字眼的記載，華夏集團和三苗集團的戰爭持續了堯舜禹三代君王。
到大禹繼位時，恰逢三苗發生內亂，大禹趁機組建夷夏聯軍（《戰國策》「禹攻三苗而東夷之民不起」 ），對三苗發動了決戰。
古本《竹書紀年》記載：「三苗將亡，天雨血，夏有冰，地坼及泉，青龍生于廟，日夜出，晝日不出。」
考古發現與史書記載也形成了吻合。
在西元前2100年前後，南陽盆地的屈家嶺風格寬扁足鼎被王灣三期文化（先夏文化）的側三角形足鼎完全取代。緊接著位于湖北天門的石家河古城出現了激烈的攻城戰跡象，南城垣內發現了長達20米的缺口。
這意味著，大禹的南征，不僅收復了南陽盆地，而且一舉攻克了三苗集團的核心區域（都城）。也就是從這個時候開始，先秦文獻中不再出現「三苗」這個族名。
自此，華夏集團和三苗集團的史前爭霸之戰，以華夏集團的完勝而告終。慘烈的戰爭，在無形中也促成了上古時期中國各氏族部落的大融合。大禹正是憑藉治水和南征的文治武功，最終建立了廣域王權的夏朝，天下從此成為一家。
